一个新的计算工具增强了基因数据分析，允许更轻松和更快速地探索物种之间的进化联系。
来自北海道大学的研究人员创建了一种新的计算工具，旨在帮助进化生物学家研究复杂的遗传信息，以拼凑出各种物种的进化历史和关系。这个工具名为PsiPartition，优化了数据分析的效率和代表这些联系的系统发育树的精确性。这种创新的方法已在分子进化杂志上详细介绍。
通过研究物种之间的遗传变异，进化生物学家可以推测它们的亲缘关系并勾勒出它们的进化时间线。这种分析最终形成一个系统发育树，直观地描绘出进化过程，展示共享祖先及导致我们今天所见广泛生命多样性的分歧路径。
随着现代测序技术为系统发育研究生成大量基因组数据，研究人员面临挑战，因为不同的基因组区域以不同的速度进化。某些基因可能变化更快，而基因组的特定区域展现出明显的进化趋势。这个问题被称为位点异质性，使得使用现有方法准确模拟进化变得复杂，这些方法常常在效率和精确性上面临挑战。
“PsiPartition是一个方便的工具，通过将DNA数据分组为段或分区，以解决不同DNA段的进化速度差异，”研究的主要作者、北海道大学环境科学研究生院的徐世杰说。“PsiPartition的独特之处在于它能够利用先进算法快速准确地评估进化速率。它还可以自动确定所需的理想分区数量，这节省了时间并减少了传统技术通常相关的错误。”
在对真实和模拟数据集进行测试时，PsiPartition表现出色。它显著加快了处理速度，特别是在处理大型数据集时，并在管理复杂且高度可变的信息方面表现出色。值得注意的是，在夜蛾科(Noctuidae)的情况下，它提高了重建系统发育树的准确性，对分支提供了强有力的自举支持。因此，PsiPartition生成的树为这些物种提供了一个更新的、潜在的更精确的进化描述。
“我们的工具将使进化生物学家能够以更高的准确性和效率进行研究，”首席作者、北海道大学环境地球科学系的尾田明教授说。“通过简化对大型复杂基因组数据集的处理，PsiPartition成为进化研究的强大新资源。”
