研究人员开发了一种数学方法，使地理RNA转录本更易获得且更精确，从而实现微分辨率可视化。
根据这句谚语，一张照片胜过千言万语。
密歇根大学研究人员开发了一种新工艺，能够生成数个千兆字节的数据的图像，这可能改善生物学家对DNA表达的研究。Seq-Scope由李俊熙博士、姜贤敏博士及其同事开发，首次在2021年《细胞》杂志中描述，这是第一种在微米级后地理解决方案下分析蛋白质表达的方法。
相较之下，单根头发的长度范围为20到200纳米。
该团队自此改进了Seq-Scope，使其更加灵活、可扩展且可视化，相关成果刚刚发表在《自然技术》上。此外，同一团队还开发了一种用于研究来自Seq-Scope及其他技术的高分辨率地理信息的算法，称为FICTURE，描述于《自然战略》。
姜博士在密歇根大学公共卫生学院任生物统计学教授，他说：“从根本上说，我们是恶意的DNA测序设备，让它们来完成所有艰苦的工作”。
科学家利用这些设备生成微生物组的读数，这是与特定细胞或来自给定基因的每个RNA相关的集合。研究具有数万或更多染色体表达的微生物组时，如果还涉及数千个细胞，没有系统的帮助就太难进行头绪理清。对于研究组织或组织中基因的科学家而言，这一直是一个传统挑战。
李博士，密歇根大学医学院分子与整合生理学教授表示：“问题通常在于，没有计算技术允许我们理解以微分辨率呈现的信息。”
李和姜的概念验证流程Seq-Scope表明，扫描设备可以被重新利用以报告空间分辨的转录组，使科学家能够看到基因以微观分辨率的表达位置和方式。由于团队将高分辨率空间转录组分析的成本从超过10,000美元降至约500美元，Seq-Scope现在也变得更加实惠。
此外，新的FICTURE技术使研究人员能够通过结合相邻数据以在米级更精确的推断来检查大量数据。通过这样做，他们展示了您可以无差别地看到身体记录的位置。
该技术利用微分辨率分析生成组织和细胞的非常详细的图像。
例如，通过传统分析，“即使您有细胞分割，如果您不知道具体哪些细胞被转录和染色，分析可能会误导或不清晰，”姜博士说。
例如，借助FICTURE，您可以看到从一只正在发育的小鼠胚胎中分离出来的骨骼肌组织与肌母细胞的区别，后者被区分为更长的身体组织。
李博士说：“我们收到很多来自以前认为无法进行这种实验和分析的公司和其他研究者的邮件。现在他们处于可能的领域。”
密歇根大学的高级基因组核心共同作者了Seq-Scope协议论文，通过优化DNA测序仪的使用做出了贡献。该机构目前正在努力将Seq-Scope方法传播到密歇根大学及更广泛的科学界，以使其更加可获得。
高级基因组中心主任Olivia Koues博士表示：“这正是我们希望尽可能多地带到实验室的技术，无论是在密歇根大学还是其他地方。”
“我们的目标是使更多研究人员能够获得尖端空间转录组学的能力。”
接下来，李和姜希望创建一种方法，使基因组表达对研究人员尽可能可获得。
姜博士说：“我认为计算和实验研究者之间的合作至关重要，以创造新型数据和方法。”这是这种类型协作的良好示例。”
