最近的一项调查显示，南亚和东南亚的疫情爆发检测资源不足，即使在疫情过后。调查的国家中，只有约一半将病原体的基因组监测纳入国家战略中。该研究概述了加强该地区未来疫情应对准备的重要策略。
由杜克-新加坡国立大学医学院进行的一项重要分析表明，在近期疫情之后，南亚和东南亚的疫情爆发检测工作仍然资金不足，调查中约50%的国家在其卫生计划中利用病原体的基因组监测。这项研究于今天发表在《自然微生物学》上，提出了改善该地区应对潜在疫情准备的基本步骤。
该研究历时一年，从2022年到2023年，研究了南亚和东南亚19个国家中的13个国家病原体基因组测序能力。
COVID-19危机突显了基因组监测的关键作用，这对于检测SARS-CoV-2、追踪其变异及创造COVID-19疫苗至关重要。最初旨在监测SARS-CoV-2的这些资源现在正转向其他健康问题，如耐药性结核病、食源性细菌病、登革热和最新的禽流感A（H5N1）疫情。
所有13个国家都具备国家基因组测序能力，但其中只有7个将这些举措纳入其传染病监测的综合计划中。此外，仅有6个国家为病原体基因组在疾病监测中的应用制定了具体指导方针。缺乏国家基因组监测协议阻碍了有效的实施和资源分配。解决这些问题对于增强传染病追踪和响应机制的可持续性和效率至关重要。
杜克-新加坡国立大学疫情应对中心副主任鲁克兰提·德·阿尔维斯助理教授表示：
“即使在我们地区经济条件较差的国家中看到病原体基因组测序的一些能力，仍然令人振奋，但仍有发展潜力。有效利用病原体测序对于通过疾病监测、响应和控制最大化公共卫生影响至关重要。评估当前的现状和需求是一个关键的初步步骤。”
研究还指出，该地区在实现疾病监测的基因组测序中面临的五个主要障碍：
- 资金：许多国家在病原体测序上高度依赖外部资金，调查国家中57%的财务资源来自外部捐赠，公共部门贡献32%，学术机构贡献6%。
- 培训有素的劳动力：缺乏具有基因组测序和数据分析能力的熟练实验室人员和生物信息学专家。
- 成本：基因组测序技术的费用过高，使资源有限的亚洲国家支付的测序服务费用明显高于富裕国家。
- 供应链问题：提供基因组测序工具和材料的物流缓慢，新订单通常需要大约两个月才能到达实验室。
- 数据可用性延迟：从样本采集到接收基因组数据之间的几周延迟使及时的公共卫生响应变得复杂。
来自菲律宾热带医学研究所的迪宗博士评论道：
“COVID-19大流行成为全球健康系统的重要信号，展示了基因组学在抵御病原体和塑造公共卫生策略方面的重要作用。基因组学的复杂性需要我们在监测实践中进行转变，同时增强菲律宾公共卫生实验室、监测单位和学术机构之间的合作。为了加大这些改进的力度，巩固和维持投资，同时在地区和全球范围内促进更广泛的合作至关重要。”
杜克-新加坡国立大学疫情应对中心科学官邱永坚博士补充道：
“病原体的基因组学是一项具有重大公共卫生意义的创新，我们整个地区将从规划和预算基因组学倡议的清晰指导中受益。由于人口密集、高流动性、卫生条件不足、与动物的频繁接触、气候变化和快速的环境变化等因素，亚洲面临着突发传染病疫情的高度风险。通过传染病监测改善早期检测对该地区的疫情防备至关重要。”
研究方法
该研究与来自孟加拉国、文莱、柬埔寨、印尼、老挝、马来西亚、缅甸、尼泊尔、巴基斯坦、菲律宾、斯里兰卡、泰国和越南的参与者合作进行。参与这项研究是自愿的，数据来自所有13个国家。
从每个参与国家中选择关键利益相关者进行广泛的调查，共有42个重要本地机构做出了贡献。这些组织来自各个部门，包括政府机构、学术机构、公共实验室和非政府组织。
根据调查反馈，制定了25个总结指标，以评估该地区病原体基因组监测的现状，包括合作伙伴关系、资金、政策框架、供应链、实验室能力、生物信息学、质量控制和数据共享等方面。
该研究通过亚洲病原体基因组倡议（Asia PGI）发布，这是一个由杜克-新加坡国立大学主导的地区性组织，专注于推动病原体基因组学。该联盟在杜克-新加坡国立大学建立了一个专业培训学院，让国家能够就解决亚洲优先健康问题的量身定制项目进行合作。该倡议的重要合作伙伴包括新加坡科学技术研究局的生物信息学研究所。
与美国疾病控制和预防中心（US CDC）合作，亚洲PGI还计划在今年晚些时候召开关于国家战略和病原体基因组在传染病追踪中的实施的联合研讨会。
疫情应对与响应研究项目（PREPARE）执行主任王林发教授补充道：
“虽然基因组学在监测中发挥着至关重要的作用，但各国还必须为其疫情响应策略配备新工具。PREPARE和亚洲PGI将继续与区域合作伙伴合作，增强对未来流行病和大流行的韧性，从长远来看，利用基因组能力迅速开发新的诊断工具和疫苗将对我们的努力至关重要。”
