一个用户友好且全面的可搜索数据库由俄亥俄州立大学韦克斯纳医学中心和医学院的神经科学和生物医学信息学研究人员开发。这个数据库名为ssREAD，现在可以免费使用，旨在帮助研究阿尔茨海默病。这一信息发表在《自然通讯》期刊上。阿尔茨海默病是引起大多数痴呆症病例的主要原因，约80%的病例归因于它。根据阿尔茨海默协会2023年关于阿尔茨海默病事实与数据的报告，估计有670万65岁及以上的美国人目前正在生活在阿尔茨海默病痴呆中。
该数据库旨在帮助研究阿尔茨海默病的病理，涉及研究其原因、发展、结构和功能变化以及自然史。
分子研究的进展使我们对阿尔茨海默病病理下的分子特征有了更深入的理解，采用了单细胞和单核RNA测序（scRNA-seq和snRNA-seq）等技术。
“这些技术为阿尔茨海默病发展的研究及其在细胞和分子层面上的性别差异提供了新的见解。我们的ssREAD库提供了与阿尔茨海默病相关的更广泛数据集，以及改进的分析管道和易用性，”俄亥俄州立大学神经科学助理教授、该研究的共同通讯作者傅洪俊博士解释道。
数据集
该数据库包括来自67项与阿尔茨海默病相关研究的277个整合数据集，使用单细胞RNA测序和单核RNA测序，总计7.3万个数据集。该库包含来自85项人类和小鼠研究的32,202个细胞和381个空间转录组样本。它包括细胞类型和空间层的详细注释，以及差异基因表达和功能富集分析的信息。该库还提供空间变化基因和使用单细胞数据集进行解卷积的信息。
此外，它还提供交互式可视化，如集群、细胞类型和空间层的散点图，以及功能图和小提琴图用于基因分析。用户友好的网页服务器提供全面的分析解释和支持多选的过滤器。
- 表达谱
- 实时基因集富集分析
“通过建立这个专业数据库，我们正在缩小研究人员之间的差距。整合这些多样的数据集和条件对研究阿尔茨海默病复杂局面的研究人员将极具价值，”俄亥俄州立大学生物医学信息学系教授马秦博士表示。
